"טחנת הנזירים" הוקמה בתקופה העותומאנית ופעלה עד ראשית המאה ה- 20 בכוח מימיו השופעים של מעיין עין יבקע, השוכן 2 ק"מ מזרחית לטחנה.
סיפורה של טחנת הנזירים, משולב בסיפורו של נחל ציפורי.
בעבר, שימשה הטחנה מקום מפגש לתושבים אשר חיו לאורכו של הנחל ונהנו משפעת מימיו. לאחר שנכנסו לשימוש טחנות קמח מודרניות המופעלות ע"י דיזל, ניטשה הטחנה ובמשך שנים הוזנחה ושימשה כדיר לחזירים, כבשים ועיזים.
לצד הפסקת פעולת הטחנה החל האדם המודרני לשנות את האיזון העדין בין מימוש צרכיו לצורכי הסביבה ולפגוע במשאב חיים אשר שימש אותו לאורך אלפי שנים.
נחל ציפורי סבל מזיהום חמור של מימיו, שאיבת מים ופגיעה בגדותיו ובמערכות החיים לאורכו.
הנחל הטבעי והיפה, הפך לחצר האחורית של הישובים לאורכו ,קלט אל תוכו שפכים, פסולת והושפע מתשטיפים חקלאיים וריסוסים ומתנועת רכבי שטח. במקטעים מסוימים, נעלמה לחלוטין צמחיית הגדות האופיינית לנחל.
כיום, נמצא נחל ציפורי בתהליך רחב היקף של שיקום אקולוגי וסביבתי בשיתוף קהילות הנחל.
מי הנחל כיום הם נקיים, קיימת תכנית לשחרור מעיינות והפסקת השאיבה לאורכו וגדותיו מטופלים לשיקום פיזי והשבה של מינים.
מעשה השיקום במקביל לעבודת חינוך והסברה ,מאפשרים את ההכרה בחשיבותו של משאב זה לאדם ואת השבת החיים לנחל לאורך זמן .
המבקרים בנחל יכולים לפגוש נחל בעל מגוון של בתי גידול ומורכבות מבנית גבוהה, הנדירה בין נחלי הארץ בשל הסדרה אינטנסיבית של נחלים.
המקטע במעלה ובמורד טחנת הנזירים הוא חלק מהקטע הערכי ביותר של הנחל מבחינה אקולוגית, נופית ותרבותית. .
יחד עם זאת, לצד הערכיות הגבוהה, עדיין קיימים בנחל וסביבתו מפגעים רבים,
המערכת האקולוגית של הנחל נפגעת מפעילות עניפה של רכבים ורכבי שטח המגיעים עד לגדות הנחל וחלקם אף הופכים את הנחל עצמו למגרש משחקי בוץ ומים. רכבי מטיילים אשר חונים לאורכו של הנחל, משאירים אחריהם כמות גדולה של פסולת. הנחל סובל גם מהשפעות חקלאות המגיעה עד לגדות ומרעיית יתר המותירה את הגדות בחלק מהמקטע כמעט חשופות לחלוטין.
שיקום ושימור טחנת הנזירים ימשיך בד ובד עם שיקום אקולוגי של הנחל ושמירה על הרצועה שלו, תוך שיתוף פעולה והידברות עם החקלאים , בתי הספר, קהילות הישובים ושותפים נוספים.
