אגן ההיקוות של הקישון עשיר בכ-150 מעיינות. רוב מעיינות הקישון תפוסים ונשאבים לצורכי שימוש ביתי וחקלאות. במסגרת פעילותה, עוסקת רשות ניקוז ונחלים קישון בשיקום מעיינות והשבת מימיהם לנחלים.
נחל קישון, הנחל הראשי באגן ההיקוות, הינו אחד מנחלי החוף הגדולים והחשובים בישראל.